Shapefile that is distributed from NaturalEarth( http://www.naturalearthdata.com/ ) have the data that (I am not sure all of the files but) the Northern Territories and Takeshima are not the Japanese territory. It is different from the Japanese government claims( http://www.mofa.go.jp/region/europe/russia/territory/index.html http://www.mofa.go.jp/region/asia-paci/takeshima/index.html ). The author of D3.js is using this file, and the people who do not know how to convert Shapefile to Geo/Topojson use his file as it is, it would imperceptibly become the de facto standard. This is an expressed concern that it could be causing the common sense of the world.
Natural Earthで配布されているShapefileは（すべてのファイルを確認していないですが）北方領土や竹島が、日本政府の主張( http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/hoppo/index.html http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/takeshima/index.html )と異なる、日本の領土ではないようなデータになっています。D3.jsの作者がこのファイルを使用していて、ShapefileをGeo/Topojsonへ変換する方法を知らない人たちは彼のファイルをそのまま使うので、いつの間にかこのような領土の表示が事実上の標準、常識になってしまうことに懸念を表明します。